古为羌地，从西汉至清代，历属临羌、西都、鄯城、西宁等县，民国十九年（1930年）从西宁县析置互助县。1949年仍设互助县属省直辖。1953年改设互助土族自治区，1955年改为互助土族自治县，1960年划归西宁市，1962年复归省直辖，1978年划归海东地区。
    1949提9月12日，互助解放，建立了人民政权，互助县人民政府正式成立。从这时起至1951年元月，全县设5个区、32个乡（镇）。1951年元月29日，划为8个区、49个乡（镇）。1952年划为12个区69个乡（镇）。1955年2月，全县12个区统一更换名称：第一区为却藏滩区；第二区为五峰寺区；第三区为双树区；第四区为沙塘川区；第五区为哈拉直沟区；第六区为红崖子沟区；第七区为丹麻区；第八区为威远堡区；第九区为塘巴区；第十区为贺尔川区；第十一区为李二家堡区；第十二区为北山藏族自治区。
    1956年10月18日，撤区并乡，全县原属的12个区、69个乡（镇）合并成为29个乡（镇）。1958年5月17日，全县由29个乡（镇）缩编为12个乡（镇）。1996年，全县辖21个乡（镇），即威远镇、西山乡、蔡家堡乡、五峰乡、双树乡、沙塘川乡、东山乡、哈拉直沟乡、红崖子沟乡、五十乡、丹麻乡、东沟乡、东和乡、林川乡、台子乡、边滩乡、    南门峡乡、松多藏族乡、加定藏族乡、巴扎藏族乡、高寨回族乡。294个行政村。县人民政府驻威远镇。
    2000年，互助土族自治县辖1个镇、16个乡、4个民族乡。根据第五次人口普查数据：全县总人口35.7万人。
    2001年3月19日青海省人民政府青政函[2001]20号文批复：撤销高寨回族乡、加定藏族乡、南门峡乡和丹麻乡，分别设立高寨镇、加定镇、南门峡镇和丹麻镇。
    2001年底，互助土族自治县辖5个镇、14个乡、2个民族乡，2个社区、295个村（牧）委会。
    2006年，根据青海省人民政府《关于海东地区行政区划调整方案的批复》（青政函[2006]76号）精神，我县行政区划调整为撤消沙塘川乡和双树乡，设立塘川镇；撤消边滩乡，并入林川乡。
    2006年8月，互助县撤销边滩乡，并入林川乡；撤销五十乡，设立五十镇；撤销五峰乡，设立五峰镇；撤销双树乡、沙塘川乡，合并设立塘川镇（镇政府驻原沙塘川乡驻地）。